W codziennej pracy administracyjnej wiele czasu zajmuje ustalanie, gdzie zapisano określoną informację i czy dostępny plik zawiera obowiązujące dane. Problem pojawia się w szczególności wówczas, gdy dokumenty są przekazywane między pracownikami, zapisywane pod różnymi nazwami albo przechowywane w kilku niezależnych miejscach. Dodatkowym utrudnieniem bywają załączniki, które po zapisaniu tracą powiązanie z wiadomością, do której pierwotnie należały.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby przez przypisywanie im wspólnych oznaczeń, grupowanie według spraw a także rejestrowanie głównych informacji o ich pochodzeniu. Przy ustalaniu zasad zapisu warto uwzględnić sytuacje, w których jeden dokument dotyczy kilku sekcji działalności. Np, protokół odbioru może być związany zarówno z konkretnym zamówieniem, jak i z rozliczeniem finansowym. Jeśli plik zostanie przypisany jedynie do jednej dziedzinie, osoba pracująca nad drugim obszarem może mieć trudności z jego odnalezieniem. Wyjściem bywa stosowanie dodatkowych oznaczeń albo powiązań między sprawami. Ich liczba powinna jednak pozostawać pod kontrolą, ponieważ zbyt kompleksowy system dziedzinie może utrudnić wybór właściwego opisu. Istotne jest także zobowiązanie, kto odpowiada za poprawianie błędnych danych i uzupełnianie brakujących informacji.
W organizacji obiegu dokumentów ważną rolę odgrywa rozdzielenie czynności związanych z przygotowaniem, sprawdzeniem i zatwierdzeniem materiału. Nie każdy plik wymaga takiej samej testom. Notatka ze spotkania może służyć wyłącznie do użytku wewnętrznego, jednakże dokument dotyczący zobowiązań finansowych może wymagać potwierdzenia przez osobę uprawnioną. Kontrolowanie dokumentami i archiwizacja powinny uwzględniać te różnice, ażeby procedury odpowiadały charakterowi wykonywanych obowiązków. W praktyce powinno się określić, co dzieje się, gdy dokument zawiera usterki, wymaga wypełnienia lub nie zostaje zatwierdzony w wyznaczonym terminie. Przydatne jest również zachowanie informacji o tym, kto wprowadził przeróbkę i na jakim etapie się ona pojawiła. Sama historia zmian nie zawsze tłumaczy przyczynę korekty, dlatego są przypadki w których niezbędny jest dodatkowy komentarz lub zapis wyborów. Osobnym zagadnieniem pozostaje praca na kilku wersjach jednego pliku. Jeśli użytkownicy pobierają dokumenty na własne urządzenia i w przyszłości przesyłają je ponownie, mogą powstawać równoległe wersje, których różnice nie są w tym samym momencie widoczne. Postanowienie zasad edycji i publikowania zatwierdzonych materiałów umożliwia ograniczyć niejasności dotyczące tego, który dokument powinno się wykorzystać w dalszych działaniach.
Przy długotrwałym przechowywaniu dokumentacji znaczenie ma sposób opisywania plików oraz sposobność odtworzenia ich kontekstu po upływie kilku lat. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać dane o autorze, dacie utworzenia, rodzaju dokumentu i powiązanej sprawie. Nie wszystkie informacje muszą być natomiast dostępne od początku. Część danych może zostać uzupełniona dopiero po weryfikacji dokumentu, a niektóre materiały wymagają indywidualnego opisu ze względu na swoją tekst. Problem pojawia się zwłaszcza podczas przenoszenia dużych zbiorów ze starszych systemów. Nazwy plików bywają skrócone, daty zapisane w różnorakich formatach, a część dokumentów nie ma żadnych oznaczeń. Automatyczne przeniesienie takich zasobów może zachować ich zawartość, ale niekoniecznie zapewni poprawne przypisanie do nowych dziedzinie. Dlatego migrację warto podzielić na etapy i sprawdzać, czy wybrane dokumenty są widoczne pod właściwymi oznaczeniami oraz czy można je otworzyć. Przy skanach dodatkowe znaczenie ma jakość obrazu i kompletność stron. Rozpoznawanie tekstu ułatwia wyszukiwanie treści, lecz niedociągnięcia odczytu mogą dotyczyć numerów, dat albo nazw własnych. W dokumentacji, w której takie szczegóły mają znaczenie, potrzebna jest kontrola wyniku, a w razie wątpliwości także zestawienie z papierowym oryginałem.
Dokumentacja elektroniczna wymaga także określenia zasad udostępniania, przechowywania i usuwania informacji. Zakres dostępu powinien wynikać z obowiązków użytkownika, a nie wyłącznie z jego przynależności do określonego działu. Pracownik może potrzebować wglądu w tekst umowy, niemniej jednak nie musi posiadać prawa do zmiany jej zapisów ani usuwania załączników. W przypadku danych poufnych powinno się ponadto uwzględnić zasady przekazywania plików oprócz organizację i kontrolowania dostępu po zmianie zakresu obowiązków. Ważne jest też zobowiązanie, jak długo poszczególne materiały powinny być przechowywane. Termin zależy od rodzaju dokumentu, obowiązujących przepisów i okoliczności związanych z daną sprawą. Nie trzeba zatem usuwać plików tylko dlatego, że zakończono obowiązujące zadanie. Przed podjęciem takiej wyborów powinno się sprawdzić, czy dokument nie podlega dalszemu obowiązkowi przechowywania lub nie jest niezbędny do rozliczenia lub wyjaśnienia wcześniejszych ustaleń. Osobnego planu wymagają kopie zapasowe oraz procedury odtwarzania danych po awarii. Powinno się sprawdzać nie tylko, czy kopie są tworzone, niemniej jednak też czy można z nich odzyskać potrzebne pliki wraz z ich opisami i powiązaniami. Przy przechowywaniu dokumentacji przez wiele lat trzeba co więcej kontrolować sposobność odczytu wykorzystywanych formatów a także sposób przenoszenia materiałów do kolejnych rozwiązań technicznych.
Zobacz: kontrola czasu pracy pracownika.